痴漢の多発
埼京線は何年間にもわたり、痴漢が多発している状態が続いている。このことは新聞やテレビで取り上げられるほど深刻な事態になっている。
警視庁によると、2004年の首都圏路線での痴漢件数は2,201件と過去最悪を記録し、そのうち埼京線は217件と最多で、2位の中央線快速（188件）、3位の中央・総武線各駅停車と京王線（121件）、5位の山手線（119件）を大きく引き離していた。その後、痴漢の検挙件数は2005年から減少し、2010年の調査では埼京線の痴漢件数は100件となり、中央線快速の117件を下回った。
痴漢への対策として、JR東日本は以下の取り組みを行った。
女性専用車の導入
当路線には2001年より、JRの通勤電車で初の女性専用車が設定された。設定車両は大崎側の先頭車両である10号車。該当車両には女性専用車であることを示すステッカーが貼られ、ホーム上の乗車位置にも同様の表示が行われている。設定当初は、平日の深夜23時以降に新宿駅を発着する大宮方面行きの電車のみであったが、2005年4月4日からは平日朝のラッシュ時である7時30分 - 9時30分に新宿駅に発着する大崎方面行きの全電車にも設定された。
